El ADN antiguo y la filogenia humana

• La estructura formada por las diferentes poblaciones humanas en un momento determinado, incluyendo su tamaño.
• La fecha de la separación entre poblaciones.
• La movilidad de estas poblaciones y los eventos de hibridación.
• La adscripción de un fósil a una determinada población, tras su análisis genético.

ADN antiguos relevantes

• Sima de los Huesos. Meyer et al, 2013.
• Genoma mitocondrial casi completo del Fémur XIII, datado en unos 400 ka.
• Sima de los Huesos. Meyer et al, 2016.
• ADN nuclear a partir del fémur XIII, el incisivo AT-5482, el fragmento de fémur AT-5431, el molar AT-5444 y la escápula AT-6672. ADN-mt de AT-5431.
• Altai, Prüfer et al, 2014.
• Genoma nuclear de alta calidad de una mujer neandertal procedente de la cueva Denisova (Altai), obtenido a partir Denisova 5, un hueso del dedo de un pie datado en 50 ka. Esta cueva es la misma de la que proceden los restos conocidos de “denisovanos”. Además, el estudio incluyó un ADN neandertal a baja cobertura procedente de la Cueva Mezmaiskaya (Cáucaso).
• Denisova, Meyer et al, 2012.
• Genoma nuclear de alta calidad de Denisova 3, un fragmento distal de falange de un infantil hallado en capas de 48-30 ka. En 2010, se había secuenciado el ADN-mt y el ADN nuclear a baja cobertura.
• Ust-Ishim, Fu et al, 2014.
• Genoma de alta calidad procedente de un fémur de varón humano moderno de hace ~ 45 ka, hallado en 2008 en un banco del río Irtysh, Ust-Ishim, Siberia.
• Vindija, Green et al, 2010.
• ADN-mt completo y ADN nuclear combinado de tres ejemplares neandertales (Vi-33.16, Vi-33.25 y Vi-33.26 datados entre hace 44,45-38,31 ka.
• Briggs et al, 2009.
• ADN-mt neandertal completo a partir de Vindija (Vi-33.25), Feldhofer 1 y 2, Sidrón 1253 y Mezmaiskaya 1.
• Tianyuan. Fu et al, 2012.
• ADNmt y algunas regiones del ADN nuclear de un ejemplar de humano moderno datado en hace 40 ka.
• Oase. Fu et al, 2015.
• ADN-mt y ADN nuclear de Oase 1, un humano moderno datado en hace 39,5-39,1 ka cal.
• Kostenki. Seguin Orlando, 2014.
• ADN-mt y ADN nuclear de K 14, un esqueleto de humano moderno datado directamente en hace ca. 37,8–35,4 ka cal.
• Malt'a. Raghavem et al, 2014.
• ADN-mt y ADN nuclear de un individuo juvenil datado en hace 24 ka
• Anzick. Rasmussen et al, 2014.
• Genoma de un bebé varón (Anzick 1) datado hace ca 12.707-12.556 cal.

Principales conclusiones de los estudios paleogenéticos

• TMRCA (antigüedad del antecesor común más reciente):
• 765-550 ka, del H. sapiens, neandertales y denisovanos (Meyer et al, 2016; Fernando L. Mendez et al (2016).
• Esta fecha descarta a ejemplares más jóvenes clasificados en el grado heidelbergensis, como Arago o Petralona, como posibles ancestros comunes a neandertales y HAM, pero no a Homo antecessor.
• Más de 430 ka, de neandertales y denisovanos (Meyer et al, 2016).
• 254-190 ka para el árbol Y de los humanos actuales (Monika Karmin et al, 2015; Chiara Barbieri et al, 2016; Poznick et al, 2016; Eran Elhaik et al, 2016)
• 143 ka para el árbol del ADNmt de todos los humanos actuales (Adrien Rieux et al, 2014).
• 114-77 ka para la población "Altai Neandertal" y otras poblaciones neandertales (Prüfer et al, 2014).
• 95-62 ka para el ADNmt de los no africanos y los africanos con el haplogrupo L3 (Fu et al, 2013).
• 72 ka para el ADNmt de los humanos actuales no africanos (Adrien Rieux et al, 2014). 
• La población de la Sima de los Huesos (400 ka) estaba estrechamente relacionada por vía materna (ADNmt) con los denisovanos (Meyer et al, 2013). El ADN nuclear, sin embargo, confirmó la pertenencia de esta población al linaje neandertal (Meyer et al, 2016). 
• La relación con los denisovanos puede provenir de un mestizaje entre poblaciones antepasadas de ambos o a la existencia de un antepasado común de neandertales, denisovanos y la población de la Sima de los Huesos.
• El ADN-mt de los neandertales, distinto al de los denisovanos y al de los individuos de la Sima de los Huesos, procedió quizá de poblaciones africanas que llegaron a Europa después de hace 430 ka. Estas poblaciones posiblemente trajeron consigo el musteriense (la población de las Sima de los Huesos está asociada al achelense).
• Conocemos el ADN de los neandertales gracias a la secuenciación de los genomas de cinco hembras  (Green et al, 2010; Prüfer et al, 2014), el ADN-mt de cinco individuos (Green et al, 2008; Briggs et al, 2009) y el ADN-Y de un individuo (Mendez et al, 2016).
• La idea de que todos los humanos modernos comparten un origen africano reciente (en los últimos 250 ka) está apoyada en tres evidencias genéticas: 
• La mayoría de los loci genéticos examinados hasta la fecha muestran una mayor diversidad en las poblaciones africanas. Hay una  relación lineal entre la distancia genética y la distancia geográfica a África (Ramachandran et al, 2005).
• En los árboles filogenéticos, la separación entre las poblaciones africanas y las no-africanas es la ramificación más antigua.
• La mayoría de los estudios atribuyen fechas recientes para la coalescencia molecular o el momento de separación entre las poblaciones africanas y no africanas.